Защита от вирусов сайта на joomla
1. Поставьте дополнительную http-авторизацию на папку /administrator/2. Настройте фильтр из раздела "Защита".
3. Настройте автоматические ежедневные бэкапы файлов и базы по ssh с хранением хотя бы на месяц.
Если ваш сайт уже заражен, то ещё один пункт:
4. Внимательно, творчески пройдите по инструкции из раздела "лечение".